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Feyjoo decidi\u00f3 restaurar la casa de los jesuitas como local definitivo y acondicionarla para las clases. Con mucho esfuerzo, el 28 de octubre de 1827, se anunci\u00f3 la apertura oficial del Colegio de Ciencias y Artes. En ese a\u00f1o, el colegio contaba con 176 estudiantes varones matriculados, y el rector busc\u00f3 remodelar m\u00e1s \u00e1reas del antiguo convento jesuita. Luego de la revoluci\u00f3n cusque\u00f1a, la corona espa\u00f1ola hab\u00eda suspendido en marzo de 1816 a la Universidad San Antonio Abad la capacidad de conferir grados, pero con la independencia, Bol\u00edvar deseaba poner en pr\u00e1ctica su proyecto de establecer un centro de educaci\u00f3n integral. As\u00ed, transfiri\u00f3 la facultad de conferir grados al Colegio de Ciencias y Artes, el cual tom\u00f3 el nombre de San Sim\u00f3n y comenz\u00f3 a funcionar en el local del San Bernardo hasta 1828, cuando la San Antonio Abad fue restituida. En el contexto de las guerras de la Confederaci\u00f3n Peruano-Boliviana se produjo la primera clausura del plantel. Cuando retom\u00f3 sus funciones hacia 1841, traslad\u00f3 a los estudiantes al antiguo Colegio San Buenaventura, ubicado en la Plaza de San Francisco.
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Terminado el conflicto con Bolivia hacia 1842, el colegio reabri\u00f3 en septiembre del a\u00f1o siguiente, y se design\u00f3 como rector a don Francisco Pacheco. A fines de 1856, otra interrupci\u00f3n en el funcionamiento del plantel ocurri\u00f3 debido a una epidemia de fiebre amarilla que diezm\u00f3 la poblaci\u00f3n del Cusco. El colegio permaneci\u00f3 cerrado durante todo 1857 y parte de 1858, hasta que en marzo de ese a\u00f1o el Consejo de Ministros orden\u00f3 su reapertura, la cual se concret\u00f3 en junio. El 16 de octubre de 1858, se promulg\u00f3 un decreto con el objetivo de reorganizar el colegio, dividi\u00e9ndolo en dos secciones: elemental y superior. Posteriormente, la remodelaci\u00f3n del local del San Buenaventura en 1870 contribuy\u00f3 a la permanencia del local durante los a\u00f1os de la Guerra del Pac\u00edfico. Varios funcionarios del colegio, sin embargo, participaron en el ej\u00e9rcito peruano y la econom\u00eda del plantel se vio afectada. Para 1906 hab\u00eda aproximadamente 102 matriculados. Durante la direcci\u00f3n de Zen\u00f3n Ochoa, se promovi\u00f3 el curso de deportes y el 8 de julio de 1901 se fund\u00f3 el hist\u00f3rico club Cienciano. A\u00f1os m\u00e1s tarde, el terremoto de 1950 destruy\u00f3 la infraestructura del colegio, lo que llev\u00f3 a su mudanza temporal por ocho a\u00f1os al local de la Avenida La Cultura. La m\u00fasica, por otro lado, tambi\u00e9n fue de importancia para el colegio y se estableci\u00f3 la Lira Magisterial Cienciana en 1959, dirigida por los profesores Abel Garrido y Eleodoro Justiniani.\u00a0
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